平成25年現在、当時存在した98の独立行政法人のうち、9の独立行政法人で125校の学校等を設置していた（会計検査院調べ）。うち、独立行政法人国立高等専門学校機構が最多の51校を擁し、次いで独立行政法人国立病院機構が40校を設置している。125校の総定員数は65,139名で、これに対して69,965名が在学していた。定員充足率は107.4％で、国立大学の111.1％と大差はない。このほか、独立行政法人が行う学校教育としては、大学院と連携した学生の受入を行う例なども見られている。
（参考）
学校等を設置している独立行政法人一覧（平成25年度現在）
独立行政法人の名称／主な学校等
独立行政法人日本学生支援機構／東京日本語教育センターほか
独立行政法人国立高等専門学校機構／各高等専門学校
独立行政法人高齢・障害・求職者雇用支援機構／職業能力開発総合大学校
独立行政法人職業能力開発総合大学校／釧路労災看護専門学校ほか
独立行政法人国立病院機構／北海道医療センター附属札幌看護学校ほか
独立行政法人国立国際医療研究センター／国立看護大学校
独立行政法人水産大学校／水産大学校
独立行政法人海技教育機構／国立小樽海上技術学校ほか
独立行政法人航空大学校／航空大学校
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