○起源
独立行政法人制度の骨格を決定した「中央省庁等改革の推進に関する方針」（平成11年4月27日中央省庁等改革推進本部決定）において、「業務方法書には、業務の方法に関する事項のほか、業務の委託に関する基準、競争入札等の契約に関する基本的な事項等について定めることとする」こととされた。
○記載内容
業務方法書に記載すべき内容については以下のとおり規定等が設けられている。
- 独立行政法人通則法において定められる記載事項（役員等の損害賠償責任における減免額（総務大臣が定める額※を上限とする））
- 独立行政法人ごとの主務省令において定められる記載事項
- 「中央省庁等改革の推進に関する方針」において示された「業務の方法に関する事項」、「業務の委託に関する基準」、「競争入札等の契約に関する基本的な事項」
- 「「独立行政法人の業務の適正を確保するための体制等の整備」について」（平成26年11月28日総務省行政管理局長）（総管査第322号）において示された内部統制システムに関する記載事項の例示
上記のうち、「「独立行政法人の業務の適正を確保するための体制等の整備」について」に関連する記載事項については、「業務方法書（独立行政法人の業務の適正を確保するための体制等の整備）の記載一例」（平成27年2月27日総務省行政管理局作成）により、総務省行政管理局より記載内容の例示が示されている。
※独立行政法人通則法第25条の2第4項の規定に基づき総務大臣が定める額等を定める件（平成27年3月30日総務大臣告示第116号）
○忠実義務
独立行政法人通則法において、独立行政法人の役員は、業務方法書等を遵守する義務が課されている。
○制定・変更プロセス
独立行政法人において制定した後、主務大臣の認可を受けなければならない。変更する際も同様とされる。
平成27年の改正独立行政法人通則法施行以前は、認可に先立って独立行政法人評価委員会の意見を聴取することとされていた。このプロセスは改正独立行政法人通則法により廃止されている。
→独立行政法人の内部統制システム
→「「独立行政法人の業務の適正を確保するための体制等の整備」について」（平成26年11月28日総務省行政管理局長）（総管査第322号）
→「業務方法書（独立行政法人の業務の適正を確保するための体制等の整備）の記載一例」（平成27年2月27日総務省行政管理局作成）
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