「「独立行政法人会計基準」及び「独立行政法人会計基準注解」」（平成30年9月3日総務省独立行政法人評価制度委員会会計基準部会・財務省財政制度等審議会財政制度分科会法制・公会計基準部会改訂）においては、連結財務諸表について、独立行政法人及びその出資先の会社等をまとめて、「公的な資金が供給されている一つの会計主体として捉え」て、その集団（独立行政法人及びその出資先の会社等）の「財政状況及び運営状況を総合的に報告するため」のものと位置づけている。平成29年度末時点で、連結財務諸表を作成している独立行政法人は４者存在しており、連結対象の出資先会社等は９社となっている。
なお、独立行政法人が出資により別の事業会社等を創設する目的・期待される効果として、独立行政法人制度の外（会社法会社）において事業を行うことで、より迅速・柔軟に業務を実施することができる等が想定される。近年では、総合科学技術・イノベーション会議等において、国立研究開発法人における「共同研究機能の外部化」や「出島」的な独立組織の設置が取り上げられるなどの動向が見られている。
（参考：平成29年度末時点における連結財務諸表の作成状況）
○連結財務諸表を作成している独立行政法人
- 独立行政法人石油天然ガス・金属鉱物資源機構
- 独立行政法人中小企業基盤整備機構
- 独立行政法人情報処理推進機構
- 独立行政法人都市再生機構
○連結対象の会社等
- 独立行政法人の名称／会社等の名称／連結する独立行政法人が占める出資比率／出資額（百万円）／業務内容
- 独立行政法人石油天然ガス・金属鉱物資源機構／深海資源開発株式会社／76%／138／深海底の鉱物資源の調査及び探鉱
- 独立行政法人石油天然ガス・金属鉱物資源機構／Japan AustraliaRare EarthsB.V.／94%／20,048／レアアース鉱山の権益の確保・日本への安定的供給
- 独立行政法人中小企業基盤整備機構／株式会社南国オフィスパークセンター／61%／579／産業業務機能支援中核施設の整備・管理に関する事業
- 独立行政法人中小企業基盤整備機構／株式会社今治繊維リソースセンター／57%／197／旧繊維産業構造改善臨時措置法等に基づく第三セクター
- 独立行政法人中小企業基盤整備機構／株式会社繊維リソースいしかわ／67%／164／旧繊維産業構造改善臨時措置法等に基づく第三セクター
- 独立行政法人情報処理推進機構／株式会社石川県IT総合人材育成センター／52%／400／ソフトウェア人材育成
- 独立行政法人都市再生機構／株式会社ＵＲコミュニティ／100%／4,700／住宅団地の管理運営等
- 独立行政法人都市再生機構／日本総合住生活株式会社／80%／240／住宅の管理業務の受託、住宅等の維持・改善業務の受注並びに団地居住者の利便に供する施設の建設、経営等
- 独立行政法人都市再生機構／那覇新都心株式会社／50%／650／那覇新都心及びその周辺地域における居住者等の利便に供する施設の建設、経営その他の管理
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