「独立行政法人における総人件費改革について」（平成20年2月14日内閣官房行政改革推進本部事務局・総務省行政管理局・財務省主計局事務連絡）は、平成20年に内閣官房行政改革推進本部事務局、総務省行政管理局及び財務省主計局から各府省担当官宛に発出された事務連絡。前年の「イノベーション25」（平成19年6月1日閣議決定）において、「受託研究、共同研究のための民間からの外部資金により雇用される任期付職員についても人件費削減対象から除外することを検討」する旨が示されたことを受けてのもの。
当時、独立行政法人においては、「簡素で効率的な政府を実現するための行政改革の推進に関する法律」（平成18年法律第47号、行革推進法）及び「行政改革の重要方針」（平成17年12月24日閣議決定）等に基づき、平成18年から平成22年の5年間で平成17年度における水準から5％以上の人件費を削減することを基本とする「総人件費改革」に取り組むこととされていた。当時、すでに「公的部門における総人件費改革について（独立行政法人関係）」（平成18年2月14日内閣官房行政改革推進事務局・総務省行政管理局・財務省主計局）により、競争的研究資金を原資として雇用される任期付職員については、削減対象から除外される旨が示されていたが、この「独立行政法人における総人件費改革について」により民間からの外部資金を原資とするそれについても除外対象に追加される形となった。さらに半年後の8月には、「研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律」（平成20年法第65号、旧研究開発力強化法）を受けて、同名の事務連絡が発出されていることから、総人件費改革の経過を確認する上では、これら数次の事務連絡等を総合的に把握する必要があると言える。
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