出勤者削減の取組など新型コロナウイルス感染症の影響に伴う独立行政法人通則法において期日までに主務大臣宛てに提出することとされている書類の取扱いについて（令和2年4月17日総務省行政管理局管理官（独立行政法人制度総括担当）・管理官（独立行政法人評価総括担当）事務連絡）

　「出勤者削減の取組など新型コロナウイルス感染症の影響に伴う独立行政法人通則法において期日までに主務大臣宛てに提出することとされている書類の取扱いについて」（令和2年4月17日総務省行政管理局管理官（独立行政法人制度総括担当）・管理官（独立行政法人評価総括担当）事務連絡）は、令和2年に総務省行政管理局の管理官（独立行政法人制度総括担当）及び管理官（独立行政法人評価総括担当）の連名により、各府省担当課長宛に発出された事務連絡。新型インフルエンザ等対策特別措置法（平成24年法律第31号）に基づく緊急事態宣言の発出等に伴い、各独立行政法人における「出勤者７割削減」に「可能な範囲で最大限取り組んでいただくよう」依頼するとともに、独立行政法人通則法に基づく財務諸表及び業務実績報告書等の提出書類の取扱いを示し、各独立行政法人に周知するよう求めている。

　独立行政法人通則法においては、6月末日を期限として、前年度の財務諸表や業務実績報告書を提出するよう求めているところ。今回、「出勤者削減の取組など新型コロナウイルス感染症の影響に伴う独立行政法人通則法において期日までに主務大臣宛てに提出することとされている書類の取扱いについて」では、新型コロナウイルス感染症の緊急事態宣言に伴う出勤者削減の影響を勘案して、「期限内に履行されなかった義務に係る免責に関する措置」に係る政令が制定された場合、又はこれが制定されなかった場合を見越し、法定の期限に対する猶予措置の余地を示している。

　なお、独立行政法人通則法に基づく法定提出期限を巡っては、独立行政法人の監査人業務を担う立場で、日本公認会計士協会より、財務諸表等の期限の柔軟な取扱いを求めた「独立行政法人等が提出する財務諸表等の期限の取扱いについて（要望）」（令和2年5月1日日本公認会計士協会会長）（非営利2020第1号）が各主務大臣に対して提出されている。今般の新型コロナウイルス感染症に伴う独立行政法人通則法の法定期限への対応については制度官庁及び監査人ともに、柔軟な取扱いを認めたものと言える。

→独立行政法人等が提出する財務諸表等の期限の取扱いについて（要望）（令和2年5月1日日本公認会計士協会会長）（非営利2020第1号）

 

本文：

「出勤者削減の取組など新型コロナウイルス感染症の影響に伴う独立行政法人通則法において期日までに主務大臣宛てに提出することとされている書類の取扱いについて」（令和2年4月17日総務省行政管理局管理官（独立行政法人制度総括担当）・管理官（独立行政法人評価総括担当）事務連絡）

独立行政法人が所有する土地と建物

　会計検査院の調べによれば、平成23年度末時点で、当時存在した102の独立行政法人のうち、100の法人が土地又は建物を保有していた。同時点における価格として、独立行政法人全体で、土地21兆2211億円、建物5兆9084億円、合計27兆1296億円が計上されている。

　これらには、独立行政法人が事業を行うための事業用地や建物が含まれているほか、宿舎等の福利厚生施設も含まれている。なお、平成24年度開始直後の「独立行政法人の職員宿舎の見直し計画」（平成24年4月3日行政改革実行本部決定）により宿舎の廃止等が図られたこと、その後の独立行政法人の統廃合や民営化又は国への移管を加味すると、現在の独立行政法人の土地と建物の保有規模は、当時に比べて減少している可能性がある。

→「独立行政法人の職員宿舎の見直し計画」（平成24年4月3日行政改革実行本部決定）

→独立行政法人の駐車場

独立行政法人等が提出する財務諸表等の期限の取扱いについて（要望）（令和2年5月1日日本公認会計士協会会長）（非営利2020第1号）

　「独立行政法人等が提出する財務諸表等の期限の取扱いについて（要望）」（令和2年5月1日日本公認会計士協会会長）（非営利2020第1号）は、令和2年に日本公認会計士協会会長から各独立行政法人の主務大臣に対し提出された要望書。文書番号は非営利2020第1号。

　新型コロナウイルス感染症により、独立行政法人及び国立大学法人における決算業務等について「遅れが生じ」ている状況認識を示し、独立行政法人通則法において定められた毎年6月末日の財務諸表等の提出期限内に、各独立行政法人が財務諸表等を主務大臣に提出することが「困難となる可能性が高まってい」るとの見通しを示している。その上で、「一部の独立行政法人においては、財務諸表等を7月以降に提出することを検討」している動向に言及しつつ、主務大臣に対して、独立行政法人の財務諸表等の提出及びそれに添付される、会計監査人による会計監査報告の作成期間等について、「独立行政法人の適切な決算作業の進捗」及び「会計監査人における十分な監査期間確保等」の観点から、柔軟な取扱いを要望している。

　なお、この「独立行政法人等が提出する財務諸表等の期限の取扱いについて（要望）」を受けて、同年5月7日には、独立行政法人の会計監査人たり得る日本公認会計士協会の会員に対し、担当の常務理事より、「これを契機として、新型コロナウイルス感染症の拡大防止を主眼に置いた決算及び監査のスケジュールを、監査対象法人とコミュニケーション」するよう、依頼がなされている。

　独立行政法人の財務諸表を巡っては、過去、独立行政法人駐留軍等労働者労務管理機構の財務諸表が3年間にわたり、主務大臣の承認が得られていなかった状況を、「不正常な状況」として「看過できない」とした参議院の警告決議（「平成20年度決算議決」（平成23年2月16日参議院本会議））の事例もあり、一般的に独立行政法人通則法で定められた財務諸表の提出及び主務大臣の承認については、当然に法定期限のとおり処理すべきとされている。今回の日本公認会計士協会による要望書は、新型コロナウイルス感染症の影響により、この法定期限が達成困難とする状況に対して、特例的な取扱いを求めたものと言える。

※日本公認会計士協会においては、事前に文書による同協会の許諾を得ることなく、公表物等の転載を行うことを禁じており、また著作権法第13条の非保護著作物に該当しないことから、要望書本文の紹介については割愛する。なお、要望書本文については令和2年5月7日付で日本公認会計士協会のウェブサイトに掲載されている。

→承認文書（独立行政法人）

→提出文書（独立行政法人）

→独立行政法人駐留軍等労働者労務管理機構における不正常な状況

新設独立行政法人の会計監査人候補者選定等に係るガイドライン（平成15年8月20日農林水産省大臣官房経理課・文書課）

　「新設独立行政法人の会計監査人候補者選定等に係るガイドライン」（平成15年8月20日農林水産省大臣官房経理課・文書課）は、平成15年に農林水産省大臣官房の経理課と文書課の連名で「提示」されたもの。総務省行政管理局等の制度官庁のクレジットが付されていないことから、あくまでも、農林水産大臣を主務大臣とする独立行政法人宛に提示されたものとみられる。独立行政法人通則法においては、独立行政法人の会計監査人は主務大臣が選任することとされており、この具体的なプロセスとして、「中央省庁等改革の推進に関する方針」（平成11年4月27日中央省庁等改革推進本部決定）においては、「独立行政法人の長は、監事の同意を得た上で、会計監査人の候補者の名簿を主務大臣に提出し、その選任を求めるものとする」旨が示されている。「新設独立行政法人の会計監査人候補者選定等に係るガイドライン」では、これを踏まえ、独立行政法人の長から「会計監査人の候補者」を決定するにあたって、「透明性・公平性の確保」の観点での具体的な作業を示したものと解される。

 

本文：

「新設独立行政法人の会計監査人候補者選定等に係るガイドライン」（平成15年8月20日農林水産省大臣官房経理課・文書課）

独立行政法人の事業報告書における記載事項について（平成20年1月29日総務省行政管理局管理官（独立行政法人総括担当）事務連絡）（旧文書）

　「独立行政法人の事業報告書における記載事項について」（平成20年1月29日総務省行政管理局管理官（独立行政法人総括担当）事務連絡）は、平成20年に総務省行政管理局管理官（独立行政法人総括担当）から各府省担当課長宛に発出された事務連絡。前月の「独立行政法人整理合理化計画」（平成19年12月24日閣議決定）において、「総務省は、事業報告書について、主要な損益の発生要因等を明らかにするなど、独立行政法人の運営状況等について国民に分かりやすい形での情報開示を行うため、標準的な様式を定める」旨が示されたことを踏まえ、「標準的な様式」を示すとともに、財務諸表（その添付書類たる事業報告書を含む）のウェブサイトの掲載にあたっての、「国民に分かりやすい形で掲載する工夫」を求めている。その後、改正独立行政法人通則法の施行を控えた平成27年には、「「事業報告書の記載事項」について」（平成27年3月24日総務省行政管理局管理官（独立行政法人総括担当）事務連絡）が定められており、さらに、「独立行政法人整理合理化計画」に基づく「標準的な様式」を改めるものとして、「独立行政法人の事業報告書に係る「標準的な様式」について」（平成30年12月27日総務省行政管理局管理官（独立行政法人制度総括）事務連絡）が定められたことから、現在では「独立行政法人の事業報告書における記載事項について」は失効したものと解される。

→「事業報告書の記載事項」について（平成27年3月24日総務省行政管理局管理官（独立行政法人総括担当）事務連絡）（旧文書）

→独立行政法人の事業報告書に係る「標準的な様式」について（平成30年12月27日総務省行政管理局管理官（独立行政法人制度総括）事務連絡）

 

本文：

「独立行政法人の事業報告書における記載事項について」（平成20年1月29日総務省行政管理局管理官（独立行政法人総括担当）事務連絡）（旧文書）

「事業報告書の記載事項」について（平成27年3月24日総務省行政管理局管理官（独立行政法人総括担当）事務連絡）（旧文書）

　「「事業報告書の記載事項」について」（平成27年3月24日総務省行政管理局管理官（独立行政法人総括担当）事務連絡）は、平成27年3月に総務省行政管理局管理官（独立行政法人総括担当）から各府省担当課長宛に発出された事務連絡。「独立行政法人整理合理化計画」（平成19年12月24日閣議決定）において総務省が定めるとされた、事業報告書の「標準的な様式」について、「独立行政法人の事業報告書における記載事項について」（平成20年1月29日総務省行政管理局管理官（独立行政法人総括担当）事務連絡）を改めたもの。「独立行政法人の事業報告書に係る「標準的な様式」について」（平成30年12月27日総務省行政管理局管理官（独立行政法人制度総括）事務連絡）により、平成30事業年度に係る事業報告書の作成までを以て「「事業報告書の記載事項」について」は失効している。

→「独立行政法人の事業報告書に係る「標準的な様式」について」（平成30年12月27日総務省行政管理局管理官（独立行政法人制度総括）事務連絡）

 

本文：

「「事業報告書の記載事項」について」（平成27年3月24日総務省行政管理局管理官（独立行政法人総括担当）事務連絡）（旧文書）

※総務省が公表した「記載事項」を採録している。なお、平成29年11月17日の総務省独立行政法人評価制度委員会 会計基準等部会・財務省財政制度等審議会財政制度分科会法制・公会計部会第11回共同ワーキング・チーム等では、本「記載事項」が事務連絡として発出された旨が明らかにされていることから、「「事業報告書の記載事項」について」は今回採録した「記載事項」と具体的な事務連絡文とで構成されるとみられる。今後、府省・独立行政法人における公表が確認され次第、事務連絡文の有無を確認し、要すれば改めて全体を網羅した形で採録する。

 

新旧：

「「事業報告書の記載事項」について」（平成27年3月24日総務省行政管理局管理官（独立行政法人総括担当）事務連絡）（旧文書）（新旧）

独立行政法人の事業報告書に係る「標準的な様式」について（平成30年12月27日総務省行政管理局管理官（独立行政法人制度総括）事務連絡）

　「独立行政法人の事業報告書に係る「標準的な様式」について」（平成30年12月27日総務省行政管理局管理官（独立行政法人制度総括）事務連絡）は、平成30年に総務省行政管理局管理官（独立行政法人制度総括）から各府省担当課長宛に発出された事務連絡。同年9月に「独立行政法人の事業報告に関するガイドライン」（平成30年9月30日総務省独立行政法人評価制度委員会会計基準部会及び財務省財政制度等審議会財政制度分科会法制・公会計部会）が設定され、事業報告書について独立行政法人の「長のリーダーシップに基づく、独立行政法人の業務運営の状況の全体像を簡潔に説明する事業報告書」として整理されたことを踏まえたもの。令和元事業年度の事業報告書より適用される。

　従来、「独立行政法人整理合理化計画」（平成19年12月24日閣議決定）において、「総務省は、事業報告書について、主要な損益の発生要因等を明らかにするなど、独立行政法人の運営状況等について国民に分かりやすい形での情報開示を行うため、標準的な様式を定める」旨が示されており、これに基づき「独立行政法人の事業報告書における記載事項について」（平成20年1月29日総務省行政管理局管理官（独立行政法人総括担当）事務連絡）や「「事業報告書の記載事項」について」（平成27年3月24日総務省行政管理局管理官（独立行政法人総括担当）事務連絡）において、事業報告書の記載事項が示されてきたところ。「独立行政法人の事業報告書に係る「標準的な様式」について」は、この「独立行政法人整理合理化計画」に基づく「標準的な様式」を改めるものとして位置づけられている。ただし、この「標準的な様式」は、「独立行政法人が最低限記載すべき事項を定めている」としていることから、事実上の「必須事項」を示したものといえる。

 

本文：

「独立行政法人の事業報告書に係る「標準的な様式」について」（平成30年12月27日総務省行政管理局管理官（独立行政法人制度総括）事務連絡）

新旧：

「独立行政法人の事業報告書に係る「標準的な様式」について」（平成30年12月27日総務省行政管理局管理官（独立行政法人制度総括）事務連絡）（新旧）

独立行政法人が支払う印紙税

　独立行政法人の一部については、民間企業等と同様に、契約書等を取り交わした場合において、印紙税の納付義務が生じる場合がある。その対象については、個別法で定める業務内容や印紙税法上の取り扱いにより、個別に整理されるものと考えられるが、一般的には特殊法人に由来する移行独法が該当するケースが多いとされている。すなわち、特殊法人時代に印紙税法課税法人とされていたのを、独立行政法人に移行後もその納税義務を継承することとした場合などがこれに該当する。他方で、元々が府省の施設等機関であったなど、ある種「国」の一部を構成していた機関が独立行政法人に移行した場合（先行独法）については、国立大学法人と同様に、印紙税を非課税とする取り扱いが大半であると見られる。

　なお、印紙税が課税される独立行政法人においても、「電磁的記録」に基づく取引を行う場合には、「参議院議員櫻井充君提出印紙税に関する質問に対する答弁書」（平成17年3月15日閣議決定）等の見解に基づき、民間企業等と同様に印紙税は非課税となると考えられる。

　平成28年現在、独立行政法人の一部を対象に印紙税の課税・非課税を調査した結果によれば、国立研究開発法人科学技術振興機構をはじめ、少なくとも８つの国立研究開発法人について印紙税が課税されることとされている（平成28年11月29日国立研究開発法人協議会調べ）。

（参考）

平成28年現在確認されている印紙税が課税されている独立行政法人

※国立研究開発法人協議会が国立研究開発法人を対象に調査した結果であり、このほか中期目標管理法人にも課税対象となる独立行政法人が存在する可能性がある。

• 国立研究開発法人情報通信研究機構
• 国立研究開発法人科学技術振興機構
• 国立研究開発法人理化学研究所
• 国立研究開発法人宇宙航空研究開発機構
• 国立研究開発法人海洋研究開発機構
• 国立研究開発法人日本原子力研究開発機構
• 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構
• 国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構

独立行政法人が支払う法人税

　独立行政法人の一部については、民間企業等と同様に、収益事業に対して法人税が課税される場合がある。その対象については、個別法で定める業務内容や税法上の取り扱いにより、個別に整理されるものと考えられるが、一般的には特殊法人に由来する移行独法が該当するケースが多いとされている。すなわち、特殊法人時代にある種の公営企業的に実施していた収益事業に対して課税されていたのを、独立行政法人に移行後もその納税義務を継承することとした場合などがこれに該当する。他方で、元々が府省の施設等機関であったなど、ある種「国」の一部を構成していた機関が独立行政法人に移行した場合（先行独法）については、国立大学法人と同様に、法人税を非課税とする取り扱いが大半であると見られる。

　平成28年現在、独立行政法人の一部を対象に法人税の課税・非課税を調査した結果によれば、国立研究開発法人科学技術振興機構をはじめ、少なくとも８つの国立研究開発法人について法人税が課税されることとされている（平成28年11月29日国立研究開発法人協議会調べ）。

（参考）

平成28現在確認されている法人税が課税されている独立行政法人

※国立研究開発法人協議会が国立研究開発法人を対象に調査した結果であり、このほか中期目標管理法人にも課税対象となる独立行政法人が存在する可能性がある。

• 国立研究開発法人情報通信研究機構
• 国立研究開発法人科学技術振興機構
• 国立研究開発法人理化学研究所
• 国立研究開発法人宇宙航空研究開発機構
• 国立研究開発法人海洋研究開発機構
• 国立研究開発法人日本原子力研究開発機構
• 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構
• 国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構

独立行政法人の連結財務諸表

　「「独立行政法人会計基準」及び「独立行政法人会計基準注解」」（平成30年9月3日総務省独立行政法人評価制度委員会会計基準部会・財務省財政制度等審議会財政制度分科会法制・公会計基準部会改訂）においては、連結財務諸表について、独立行政法人及びその出資先の会社等をまとめて、「公的な資金が供給されている一つの会計主体として捉え」て、その集団（独立行政法人及びその出資先の会社等）の「財政状況及び運営状況を総合的に報告するため」のものと位置づけている。平成29年度末時点で、連結財務諸表を作成している独立行政法人は４者存在しており、連結対象の出資先会社等は９社となっている。

　なお、独立行政法人が出資により別の事業会社等を創設する目的・期待される効果として、独立行政法人制度の外（会社法会社）において事業を行うことで、より迅速・柔軟に業務を実施することができる等が想定される。近年では、総合科学技術・イノベーション会議等において、国立研究開発法人における「共同研究機能の外部化」や「出島」的な独立組織の設置が取り上げられるなどの動向が見られている。

→共同研究機能の外部化（総合科学技術・イノベーション会議）

→研究開発法人による出資等に係るガイドライン（平成31年1月17日内閣府政策統括官（科学技術・イノベーション担当）・文部科学省科学技術・学術政策局）

→国立研究開発法人の財務基盤の強化及びオープンイノベーションに関する調査（文部科学省／株式会社三菱総合研究所）

（参考：平成29年度末時点における連結財務諸表の作成状況）

○連結財務諸表を作成している独立行政法人

• 独立行政法人石油天然ガス・金属鉱物資源機構
• 独立行政法人中小企業基盤整備機構
• 独立行政法人情報処理推進機構
• 独立行政法人都市再生機構

○連結対象の会社等

1. 独立行政法人の名称／会社等の名称／連結する独立行政法人が占める出資比率／出資額（百万円）／業務内容
2. 独立行政法人石油天然ガス・金属鉱物資源機構／深海資源開発株式会社／76%／138／深海底の鉱物資源の調査及び探鉱
3. 独立行政法人石油天然ガス・金属鉱物資源機構／Japan AustraliaRare EarthsB.V.／94%／20,048／レアアース鉱山の権益の確保・日本への安定的供給
4. 独立行政法人中小企業基盤整備機構／株式会社南国オフィスパークセンター／61%／579／産業業務機能支援中核施設の整備・管理に関する事業
5. 独立行政法人中小企業基盤整備機構／株式会社今治繊維リソースセンター／57%／197／旧繊維産業構造改善臨時措置法等に基づく第三セクター
6. 独立行政法人中小企業基盤整備機構／株式会社繊維リソースいしかわ／67%／164／旧繊維産業構造改善臨時措置法等に基づく第三セクター
7. 独立行政法人情報処理推進機構／株式会社石川県IT総合人材育成センター／52%／400／ソフトウェア人材育成
8. 独立行政法人都市再生機構／株式会社ＵＲコミュニティ／100%／4,700／住宅団地の管理運営等
9. 独立行政法人都市再生機構／日本総合住生活株式会社／80%／240／住宅の管理業務の受託、住宅等の維持・改善業務の受注並びに団地居住者の利便に供する施設の建設、経営等
10. 独立行政法人都市再生機構／那覇新都心株式会社／50%／650／那覇新都心及びその周辺地域における居住者等の利便に供する施設の建設、経営その他の管理

行政サービス実施コスト計算書等の機会費用算定の取扱いについて（留意事項）（平成31年4月5日総務省行政管理局（独立行政法人総括担当）・財務省主計局法規課公会計室事務連絡）

　「行政サービス実施コスト計算書等の機会費用算定の取扱いについて（留意事項）」（平成31年4月5日総務省行政管理局（独立行政法人総括担当）・財務省主計局法規課公会計室事務連絡）は、平成31年に総務省行政管理局（独立行政法人制度総括）及び財務省主計局法規課公会計室から各府省担当官宛に発出された事務連絡。平成28年以降、独立行政法人の財務諸表のうち、行政サービスコスト計算書における「機会費用」の計算の基準となる、10 年国債の利回りがマイナスの状況が継続したことから、平成27年度決算に関して発出した「「マイナス金利付き量的・質的緩和」の導入を受けた平成27事業年度財務諸表における行政サービス実施コスト計算書の機会費用算定の取扱いについて（留意事項）」（平成28年4月1日総務省行政管理局（独立行政法人制度総括）・財務省主計局法規課公会計室事務連絡）について、平成30年度以降の独立行政法人の財務諸表にも適用することを示したもの。
→「「マイナス金利付き量的・質的緩和」の導入を受けた平成27事業年度財務諸表における行政サービス実施コスト計算書の機会費用算定の取扱いについて（留意事項）」（平成28年4月1日総務省行政管理局（独立行政法人制度総括）・財務省主計局法規課公会計室事務連絡）

本文：
「行政サービス実施コスト計算書等の機会費用算定の取扱いについて（留意事項）」（平成31年4月5日総務省行政管理局（独立行政法人総括担当）・財務省主計局法規課公会計室事務連絡）

「マイナス金利付き量的・質的緩和」の導入を受けた平成27事業年度財務諸表における行政サービス実施コスト計算書の機会費用算定の取扱いについて（留意事項）（平成28年4月1日総務省行政管理局（独立行政法人制度総括）・財務省主計局法規課公会計室事務連絡）

　「「マイナス金利付き量的・質的緩和」の導入を受けた平成27事業年度財務諸表における行政サービス実施コスト計算書の機会費用算定の取扱いについて（留意事項）」（平成28年4月1日総務省行政管理局（独立行政法人制度総括）・財務省主計局法規課公会計室事務連絡）は、平成28年に総務省行政管理局（独立行政法人制度総括）及び財務省主計局法規課公会計室から各府省担当官宛に発出された事務連絡。同年1月の「マイナス金利付き量的・質的金融緩和」（平成28年１月29 日日本銀行）に伴い、同3月末日時点で日本相互証券が発表する10 年国債（新発債）の利回りがマイナスに至ったことを受けてのもの。
　独立行政法人の財務諸表のうち、行政サービスコスト計算書における「機会費用」の計算にあたっては、日本相互証券が発表する10 年もの国債（新発債）の利率を基準値として採用することとされている。「「マイナス金利付き量的・質的緩和」の導入を受けた平成27事業年度財務諸表における行政サービス実施コスト計算書の機会費用算定の取扱いについて（留意事項）」では、10 年国債の利回りが通常想定されないマイナス利率となったことを受けて、基準値としてそのままマイナス利率で計算すべきか、それとも０として計算すべきかを論点として、ケーススタディを示している。
　なお、「「マイナス金利付き量的・質的緩和」の導入を受けた平成27事業年度財務諸表における行政サービス実施コスト計算書の機会費用算定の取扱いについて（留意事項）」にて示された留意事項については、「行政サービス実施コスト計算書等の機会費用算定の取扱いについて（留意事項）」（平成31年4月5日総務省行政管理局（独立行政法人総括担当）・財務省主計局法規課公会計室事務連絡）により、平成30年度以降の独立行政法人の財務諸表にも適用されることとなった。

本文：
「「マイナス金利付き量的・質的緩和」の導入を受けた平成27事業年度財務諸表における行政サービス実施コスト計算書の機会費用算定の取扱いについて（留意事項）」（平成28年4月1日総務省行政管理局（独立行政法人制度総括）・財務省主計局法規課公会計室事務連絡）

独立行政法人の経営努力認定について（平成26年6月27日総務省行政管理局長）（総管査第226号）（おそらく旧文書）

　「独立行政法人の経営努力認定について」（平成26年6月27日総務省行政管理局長）（総管査第226号）は平成26年に総務省行政管理局長から各府省官房長等宛に発出された通知。文書番号は総管査第226号。　
　「独立行政法人改革等に関する基本的な方針」（平成25年12月24日閣議決定）において「認定基準の要件を改善」することなどが示されたことを受けて発出された。新規の文書を定めた形態をとっているが、「独立行政法人改革等に関する基本的な方針」等の記述から、従来、独立行政法人の経営努力認定の要件を定めていた同名の文書、「独立行政法人の経営努力認定について」（平成18年7月21日総務省行政管理局）の後継にあたると考えられる。

○効力についての解釈
　この、「独立行政法人の経営努力認定について」（平成26年6月27日総務省行政管理局長）（総管査第226号）ののち、経営努力認定の要件を緩和した、「独立行政法人における経営努力の促進とマネジメントの強化について」（平成30年3月30日総務省行政管理局）が定められており、その中で、「「独立行政法人の経営努力認定について」（平成18年7月21日総務省行政管理局）は廃止する」旨が示されている。
　他方で、上述のとおり、「独立行政法人の経営努力認定について」（平成26年6月27日総務省行政管理局長）（総管査第226号）については、「独立行政法人の経営努力認定について」（平成18年7月21日総務省行政管理局）とは別個の文書であるような外形に当たるところ、前者が後者と同様に廃止されたのか、否かについては陽に読み取ることができない。
　しかしながら、総務省行政管理局が独立行政法人評価制度委員会に説明したところによれば、「独立行政法人の経営努力認定について」（平成26年6月27日総務省行政管理局長）（総管査第226号）にて要件とされた「利益の新規性」や「非外部要因」の証明といった「実務上の制約の解消」を目的として「独立行政法人における経営努力の促進とマネジメントの強化について」が定められたと解されることから、廃止が明記されている「独立行政法人の経営努力認定について」（平成18年7月21日総務省行政管理局）のみならず、その直接の後継にあたる、「独立行政法人の経営努力認定について」（平成26年6月27日総務省行政管理局長）（総管査第226号）についても当然に効力を失ったものと捉えることが自然と考えられる。
→経営努力認定
→「独立行政法人における経営努力の促進とマネジメントの強化について」（平成30年3月30日総務省行政管理局）
→独立行政法人の経営努力認定について（平成19年7月4日総務省行政管理局改定）（旧文書）

本文：
「独立行政法人の経営努力認定について」（平成26年6月27日総務省行政管理局長）（総管査第226号）（おそらく旧文書）

独立行政法人の経営努力認定について（平成19年7月4日総務省行政管理局改定）（旧文書）

　「独立行政法人の経営努力認定について」（平成19年7月4日総務省行政管理局改定）は、平成19年に総務省行政管理局が「独立行政法人の経営努力認定について」（平成18年7月21日総務省行政管理局）を改定したもの。「独立行政法人における経営努力の促進とマネジメントの強化について」（平成30年3月30日総務省行政管理局）に伴い、効力を失っている。なお、本文書においては旧文書からの改廃関係が明記されているところではあるが、その後、「独立行政法人改革等に関する基本的な方針」（平成25年12月24日閣議決定）において、経営努力に係る「認定基準の要件を改善」する旨が示された際には、本文書の直接の後継として、「独立行政法人の経営努力認定について」（平成26年6月27日総務省行政管理局長）（総管査第226号）が新規制定の体裁により定められている。
→経営努力認定
→独立行政法人における経営努力の促進とマネジメントの強化について（平成30年3月30日総務省行政管理局）
→独立行政法人の経営努力認定について（平成18年7月21日総務省行政管理局）（旧文書）

本文：
「独立行政法人の経営努力認定について」（平成19年7月4日総務省行政管理局改定）（旧文書）

「独立行政法人の経営努力認定について」の解釈について（平成18年7月21日総務省行政管理局）（旧文書）

　「「独立行政法人の経営努力認定について」の解釈について」（平成18年7月21日総務省行政管理局）は、平成18年に総務省行政管理局が「示した」もの。宛先は不明。同日の「独立行政法人の経営努力認定について」（平成18年7月21日総務省行政管理局）の記述の解釈を示したものであるが、「独立行政法人の経営努力認定について」が廃止されたことに伴い、少なくとも現時点においては、「「独立行政法人の経営努力認定について」の解釈について」についても効力を失ったと解される。
→独立行政法人の経営努力認定について（平成18年7月21日総務省行政管理局）（旧文書）
→経営努力認定
→「独立行政法人における経営努力の促進とマネジメントの強化について」（平成30年3月30日総務省行政管理局）

本文：
「「独立行政法人の経営努力認定について」の解釈について」（平成18年7月21日総務省行政管理局）

独立行政法人の経営努力認定について（平成18年7月21日総務省行政管理局）（旧文書）

　「独立行政法人の経営努力認定について」（平成18年7月21日総務省行政管理局）は、平成18年に総務省行政管理局が「定めた」もの。従来、「主務省が、独立行政法人評価委員会の意見を聴き、財務省と協議を行った上で認定してきた」独立行政法人の経営努力認定について、認定基準を定めることを目的としている。
　「独立行政法人の経営努力認定について」は、以後、逐次の改定がなされ、「独立行政法人改革等に関する基本的な方針」（平成25年12月24日閣議決定）において示された「認定基準の要件を改善」などへの対応がなされてきたが、その後も経営努力認定の活用が「低調な状況」（総務省行政管理局）に留まっていたことなどを踏まえ、「独立行政法人の経営努力認定について」を廃止し、新たに「独立行政法人における経営努力の促進とマネジメントの強化について」（平成30年3月30日総務省行政管理局）が定められている。したがって、現在「独立行政法人の経営努力認定について」については効力を有していない。
→「独立行政法人における経営努力の促進とマネジメントの強化について」（平成30年3月30日総務省行政管理局）
→経営努力認定

本文：

独立行政法人の経営努力認定について

平成18年7月21日

総務省行政管理局

１　独立行政法人（以下「法人」という。）の経営努力については、従来、独立行政法人通則法、独立行政法人会計基準（参考1、2）に基づいて、主務省が、独立行政法人評価委員会の意見を聴き、財務省と協議を行った上で認定してきたが、今後これを一層促進するため、その認定の基準を定めることとする。

（1）法人の経営努力認定の基準には、次の点が求められる。

1. 簡素で分かりやすいこと。
2. 法人の経営努力を促す仕組みであること。
3. 法人が公的部門の一つである以上、経営努力の認定は厳格であるべきこと。

（2）また、法人の経営努力の概念は、独立行政法人会計基準で示された考え方や、これまでの認定の実績を踏まえると、次のように整理される。

1. 法人が新規性・自主性のある活動により、
2. 運営費交付金及び国又は地方公共団体からの補助金等に基づかない収入を増加させたり、費用を節減させたりすることを通じ、
3. 当該事業年度において利益を増加させるものである。

（3）以上を踏まえ、「独立行政法人の経営努力認定の基準」を次のとおり定める。
　ただし、本基準は、経営努力認定の一般的な考え方を示すものであり、個別の判断に当たっては、法人の業務の特性などを勘案することも必要である。

1. 法人全体の利益が年度計画予算を上回ること（ただし、区分経理がなされている場合には、当該勘定における利益も年度計画予算を上回ることが必要。）。
2. 経営努力認定の対象案件の利益の実績が原則として前年度実績額を上回ること。（ただし、前年度実績が前々年度の実績を下回っている場合には、その理由を合理的に説明することが必要。）。前年度実績を下回った場合には、その理由を合理的に説明することが必要。
3. その上で、次のとおり、経営努力による収入の増加や費用の減少であることを法人が合理的に説明できること。

ア　収入の増加や費用の節減が、当該事業年度において新規に生じたこと。（ただし、法人の設立後に取得した特許権であって、有効期間内のものについてはその期間内に生じた利益について認める。なお、前年度以前になされた契約で1年以上効果が継続しているものについては、原則初年度のみ認める。）
イ　収入の増加や費用の節減が、外部要因によらず法人の自主的な活動によるものであること。


（注1） 利益は、運営費交付金及び国又は地方公共団体からの補助金等に基づかない収入から生じたものであることが必要である。
（注2） 利益は、収入から、これを得るために要した費用を適切に見積もって算定した上で、控除した金額である。

2　本基準は、今後の運用状況等を踏まえ、必要に応じ見直すものとする。

（参考1）独立行政法人通則法（平成11年法律第103号）（抄）
（利益及び損失の処理）
第44条　独立行政法人は、毎事業年度、損益計算において利益を生じたときは、前事業年度から繰り越した損失をうめ、なお残余があるときは、その残余の額は、積立金として整理しなければならない。ただし、第3項の規定により同項の使途に充てる場合は、この限りでない。
　2　（略）
　3　独立行政法人は、第1項に規定する残余があるときは、主務大臣の承認を受けて、その残余の額の全部又は一部を第30条第1項の認可を受けた中期計画（同項後段の規定による変更の認可を受けたときは、その変更後のもの。以下単に「中期計画」という。）の同条第2項第6号の剰余金の使途に充てることができる。
　4　主務大臣は、前項の規定による承認をしようとするときは、あらかじめ、評価委員会の意見を聴かなければならない。
　5　第1項の規定による積立金の処分については、個別法で定める。

（財務大臣との協議）
第67条　主務大臣は、次の場合には、財務大臣に協議しなければならない。
　一・二　（略）
　三　第44条第3項の規定による承認をしようとするとき。
　四　（略）

（参考2）独立行政法人会計基準（平成12年2月16日設定・17年6月29日改訂）（抄）
第73　通則法第44条第3項による承認の額

＜参考＞経営努力認定の考え方について

1　利益の処分に関する書類における「独立行政法人通則法第44条第3項により主務大臣の承認を受けた額」（承認前にあっては「独立行政法人通則法第44条第3項により主務大臣の承認を受けようとする額」）は、当該事業年度における利益のうち独立行政法人の経営努力により生じたとされる額である。

2　上記1の額の処分先としては、独立行政法人自体の動機付け確保の観点から、主務大臣の承認を得て中期計画で定められることとなるが、独立行政法人の公的な性格により、その処分内容についてはいかなるものであっても認められるというものではなく、合理的な使途でなければならない。

3　「独立行政法人通則法第44条第3項により主務大臣の承認を受けた額」が、独立行政法人の経営努力により生じたものであることについては、独立行政法人が自らその根拠を示すものとする。

4　「独立行政法人通則法第44条第3項により主務大臣の承認を受けようとする額」は、以下のようなものであることが必要である。
（1）運営費交付金及び国又は地方公共団体からの補助金等に基づく収益以外の収益（「第24　行政サービス実施コスト」に定める、業務費用から控除すべき収入をいう。）から生じた利益であって、当該利益が独立行政法人の経営努力によるものであること。
（2）費用が減少したことによって生じた利益であって、当該利益が独立行政法人の経営努力によるものであること（中期計画等の記載内容に照らして本来行うべき業務を行わなかったために費用が減少したと認められる場合を除く。）。
（3）その他独立行政法人において経営努力によることを立証した利益であること。

※文部科学省がウェブサイトにて公表した文面を採録

経営努力認定

　独立行政法人の毎年の結果生じた予算の残余のうち、経営努力による成果と認定されたものに関して、一定の割合を独立行政法人内で再利用することを認める制度。経営努力は独立行政法人評価などの結果を踏まえ、主務大臣が認定する。
　独立行政法人通則法において、独立行政法人の毎年度の活動により生じた利益の残余については、「積立金」として整理することとされている。本来、積立金は目標期間修了時点で国庫納付されることとされているが、経営努力認定を受けた場合には、該当の積立金のうち一定の割合（原則５割）について、中期計画又は中長期計画で認可を受けた目的に充当することが可能とされている。
　経営努力認定の具体的な要件については、平成18年に「独立行政法人の経営努力認定について」（平成18年7月21日総務省行政管理局）において一定の基準が定められ、以後、逐次の改定を経てきた。しかしながら、経営努力認定の要件のハードルの高さなどから、活用が「低調な状況」（総務省行政管理局）が見られたことから、平成30年には、「独立行政法人の経営努力認定について」に代わり、独立行政法人の「主体的な経営努力を促進するインセンティブが機能するよう運用を改善していく」観点で、「独立行政法人における経営努力の促進とマネジメントの強化について」（平成30年3月30日総務省行政管理局）が定められた。
→独立行政法人における経営努力の促進とマネジメントの強化について（平成30年3月30日総務省行政管理局）

独立行政法人における経営努力の促進とマネジメントの強化について（平成30年3月30日総務省行政管理局）

　「独立行政法人における経営努力の促進とマネジメントの強化について」（平成30年3月30日総務省行政管理局）は、平成30年3月30日に総務省行政管理局が「定めた」もの。宛先等は特段明記されていない。従来、独立行政法人が主務大臣から認定を受ける「経営努力認定」の基準を示してきた「独立行政法人の経営努力認定について」（平成18年7月21日総務省行政管理局）に代わって、「経営努力認定の一般的な考え方を示」した基準と位置づけられている。
　独立行政法人通則法において、独立行政法人の毎年度の活動により生じた利益の残余については、「積立金」として整理することとされている。本来、積立金は目標期間修了時点で国庫納付されることとされているが、この積立金が「独立行政法人の経営努力の成果である」と主務大臣の認定（いわゆる経営努力認定）を受けた場合には、積立金のうち一定の割合（原則５割）について、中期計画又は中長期計画で認可を受けた目的に充当することが可能とされている。
　しかしながら、平成28年度決算において、経営努力認定を申請した独立行政法人が9法人に留まり、かつ実際に経営努力認定を受けた独立行政法人は8法人に留まるなど経営努力認定の活用が「低調な状況」（総務省行政管理局）に留まっており、独立行政法人からは「認定要件が厳しすぎ、労力に見合わず申請を見送った」といった意見が見られた。この状況を受けて、総務省及び内閣府において検討会を設置し、運用の改善を検討した結果として、「独立行政法人における経営努力の促進とマネジメントの強化について」では、独立行政法人の「主体的な経営努力を促進するインセンティブが機能するよう運用を改善していく必要がある」との認識のもと、経営努力に該当する金額の満額を利用可能とするなど緩和された経営努力認定の要件について考え方を示している。

○要旨

• 独立行政法人が主務大臣に経営努力認定の申請を行う際には、主務大臣の評価結果において「総合評定がB以上であること」をはじめとして、評価結果において計画どおり以上の成果が認められる必要がある。
• ただし、国立研究開発法人については、研究開発に関する審議会において、研究開発業務の特性（長期性、不確実性、予見不可能性、専門性）に起因して計画が未達となったことが認められた場合、要件を満たしうるものとされる場合がある。
• 自己収入（運営費交付金及び国又は地方公共団体からの補助金等の国民負担に帰さない収益で、国又は地方公共団体からの受託収入は含む）から生じた利益については、経常収益に基づくものなどで、目標期間相当の平均実績を上回る場合には、10割を経営努力として認定する例外的取り扱いとする。
• 業務の未実施や中止等によらない、運営費交付金で賄う経費の節減に関しては、5割を経営努力として認める。
• さらに、国立研究開発法人については、主務大臣評価の結果において「総合評定がAである場合（後述の10割が認定される場合を除く）」7.5割を、「Sである場合」や「Aである場合で、かつ個別の項目についても半数以上がA評定となっている場合」には10割を経営努力として認める。
• 中期目標管理法人及び国立研究開発法人においては、毎年度の自己評価書において積立金や運営費交付金債務などの状況を明らかにすること。

○その他解釈事項
　「独立行政法人における経営努力の促進とマネジメントの強化について」を以って、「独立行政法人の経営努力認定について」（平成18年7月21日総務省行政管理局）を廃止することとされている。これは、当該平成18年の原文書に限らず、「独立行政法人の経営努力認定について」（平成26年6月27日総務省行政管理局）をはじめとして、その後の改訂分も含めて廃止されたものと解するのが妥当と考えられる。
→運営費交付金債務
→主務大臣評価／独立行政法人評価
→業務実績報告書／自己評価書／内部評価資料
→業務運営効率化目標

本文：
「独立行政法人における経営努力の促進とマネジメントの強化について」（平成30年3月30日総務省行政管理局）

会計監査人の損害賠償責任

　独立行政法人の会計監査人は、役員と同様に独立行政法人通則法の規定により、独立行政法人に損害を与えた場合の損害賠償責任を負うこととされている。なお、業務方法書において最低責任限度額の算定に関する規定が設けられている場合、その算定方式は監事と同様に、年間報酬相当額（退職手当の年換算を含む）の2倍とされている。

　独立行政法人の会計監査人の業務内容を巡っては、総務省行政管理局が、「独立行政法人における随意契約の適正化の推進について（依頼）」（平成19年11月15日総務省行政管理局長・総務省行政評価局長事務連絡）において、会計監査人による「入札・契約の適正な実施について徹底的なチェック」を求めた一方で、日本公認会計士協会からは当該要求が会計監査人による財務諸表監査の範囲を超えるとした「独立行政法人の随意契約について」（平成20年2月13日日本公認会計士協会公会計担当常務理事）が提示されており、見解の相違が見られている。このため、例えば入札・契約のチェックにおける過失を理由として、独立行政法人が会計監査人に対して損害賠償を請求することが妥当か、否かについては、慎重な検討が必要と思料される。

→役員の損害賠償責任

→独立行政法人における随意契約の適正化の推進について（依頼）（平成19年11月15日総務省行政管理局長・総務省行政評価局長事務連絡）

予算消化／駆け込み需要（実証されていない仮説）

　独立行政法人制度の創設により克服すべきとされた課題のひとつとして、我が国の公的部門における「年度末の予算消化の悪弊」が挙げられる（平成25年10月23日第2回新たな研究開発法人制度に関する有識者懇談会）。すなわち、独立行政法人において、企業会計的手法や年度繰越、移流用などの弾力的な財務運営を可能とすることで、予算消化の悪弊に陥ることを防止するという制度設計意図が指摘されている。

　他方で、独立行政法人制度の創設後も、独立行政法人において、従来公的部門で見られたような予算消化が継続するのではないかとの指摘（平成14年11月26日参議院厚生労働委員会での質疑）も見られている。従って、独立行政法人制度創設の効果を測定・確保する観点で、仮説的に「独立行政法人においても、中期目標期間末などにおいて、予算消化や駆け込み的な執行がなされているのではないか」と見られていたと言える。

◯仮説の検証

　平成22年度までに財務省は、特に独立行政法人制度における目標期間終了時に残余の予算が国庫に返納されるという点に着目し、「目標期間最終年度における執行率が著しく増加していないか」や「第4四半期において物品等の駆け込み的な購入が行われないか」といった点を検証している。具体的には、平成20年度及び21年度に目標期間が終了した20の独立行政法人について、2年度分の執行状況の内訳を四半期ごとに明らかにし、目標期間最終年度又は年度末において執行が集中するような、予算消化的な傾向が見られないかを検証した。

◯仮説に反した実態

　財務省による検証の結果、全体の傾向として、むしろ目標期間最終年度における執行件数は前年度に比して減少傾向にあり、また四半期ごとの内訳を見ても第4四半期の執行件数は減少していることが確認された。このとおり、仮説に反した実態が明らかになったことから、独立行政法人における予算消化の指摘に関して、財務省は特段抜本的な改善の余地を認めず、引き続き計画的な執行に努めるよう求めるに留めている。

◯更なる執行の前倒し化

　平成27年の独立行政法人会計基準等の改訂を受けて、独立行政法人の運営費交付金については、第3四半期末までに法人内部の配分を確定させる考えが示されたことから、近年の独立行政法人においては、更なる執行の前倒し化を図る必要が生じていると考えられる。

→中期目標／中長期目標／年度目標

→予算三表

→運営費交付金債務

→業務達成基準

→独立行政法人国際協力機構における予算逼迫問題／JICAの資金ショート問題