「新設独立行政法人の会計監査人候補者選定等に係るガイドライン」（平成15年8月20日農林水産省大臣官房経理課・文書課）は、平成15年に農林水産省大臣官房の経理課と文書課の連名で「提示」されたもの。総務省行政管理局等の制度官庁のクレジットが付されていないことから、あくまでも、農林水産大臣を主務大臣とする独立行政法人宛に提示されたものとみられる。独立行政法人通則法においては、独立行政法人の会計監査人は主務大臣が選任することとされており、この具体的なプロセスとして、「中央省庁等改革の推進に関する方針」（平成11年4月27日中央省庁等改革推進本部決定）においては、「独立行政法人の長は、監事の同意を得た上で、会計監査人の候補者の名簿を主務大臣に提出し、その選任を求めるものとする」旨が示されている。「新設独立行政法人の会計監査人候補者選定等に係るガイドライン」では、これを踏まえ、独立行政法人の長から「会計監査人の候補者」を決定するにあたって、「透明性・公平性の確保」の観点での具体的な作業を示したものと解される。
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