独立行政法人の一部については、民間企業等と同様に、契約書等を取り交わした場合において、印紙税の納付義務が生じる場合がある。その対象については、個別法で定める業務内容や印紙税法上の取り扱いにより、個別に整理されるものと考えられるが、一般的には特殊法人に由来する移行独法が該当するケースが多いとされている。すなわち、特殊法人時代に印紙税法課税法人とされていたのを、独立行政法人に移行後もその納税義務を継承することとした場合などがこれに該当する。他方で、元々が府省の施設等機関であったなど、ある種「国」の一部を構成していた機関が独立行政法人に移行した場合（先行独法）については、国立大学法人と同様に、印紙税を非課税とする取り扱いが大半であると見られる。
なお、印紙税が課税される独立行政法人においても、「電磁的記録」に基づく取引を行う場合には、「参議院議員櫻井充君提出印紙税に関する質問に対する答弁書」（平成17年3月15日閣議決定）等の見解に基づき、民間企業等と同様に印紙税は非課税となると考えられる。
平成28年現在、独立行政法人の一部を対象に印紙税の課税・非課税を調査した結果によれば、国立研究開発法人科学技術振興機構をはじめ、少なくとも８つの国立研究開発法人について印紙税が課税されることとされている（平成28年11月29日国立研究開発法人協議会調べ）。
（参考）
平成28年現在確認されている印紙税が課税されている独立行政法人
※国立研究開発法人協議会が国立研究開発法人を対象に調査した結果であり、このほか中期目標管理法人にも課税対象となる独立行政法人が存在する可能性がある。
- 国立研究開発法人情報通信研究機構
- 国立研究開発法人科学技術振興機構
- 国立研究開発法人理化学研究所
- 国立研究開発法人宇宙航空研究開発機構
- 国立研究開発法人海洋研究開発機構
- 国立研究開発法人日本原子力研究開発機構
- 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構
- 国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構
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