独立行政法人の会計監査人は、役員と同様に独立行政法人通則法の規定により、独立行政法人に損害を与えた場合の損害賠償責任を負うこととされている。なお、業務方法書において最低責任限度額の算定に関する規定が設けられている場合、その算定方式は監事と同様に、年間報酬相当額（退職手当の年換算を含む）の2倍とされている。
独立行政法人の会計監査人の業務内容を巡っては、総務省行政管理局が、「独立行政法人における随意契約の適正化の推進について（依頼）」（平成19年11月15日総務省行政管理局長・総務省行政評価局長事務連絡）において、会計監査人による「入札・契約の適正な実施について徹底的なチェック」を求めた一方で、日本公認会計士協会からは当該要求が会計監査人による財務諸表監査の範囲を超えるとした「独立行政法人の随意契約について」（平成20年2月13日日本公認会計士協会公会計担当常務理事）が提示されており、見解の相違が見られている。このため、例えば入札・契約のチェックにおける過失を理由として、独立行政法人が会計監査人に対して損害賠償を請求することが妥当か、否かについては、慎重な検討が必要と思料される。
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