「公的部門における総人件費改革について（独立行政法人関係）」（平成18年2月14日内閣官房行政改革推進事務局・総務省行政管理局・財務省主計局）は、平成18年に内閣官房行政改革推進事務局、総務省行政管理局及び財務省主計局の連名により、各府省担当官宛に「参考連絡」されたもの。前月に示された「公的部門における総人件費改革の取組について」（平成18年1月25日内閣官房行政改革推進事務局・総務省大臣官房管理室・総務省行政管理局・財務省主計局）等を受け、各府省からの照会への回答を示している。
「公的部門における総人件費改革の取組について」では、前年の「行政改革の重要方針」（平成17年12月24日閣議決定）に基づく総人件費改革の一環として、平成18年から平成22年度の5年間において「人件費削減」を行う旨、各独立行政法人の中期計画に記載することが求められていた。その上で、「公的部門における総人件費改革について（独立行政法人関係）」においては、削減対象の範囲や中期計画における記述ぶり（パーセンテージを用いるなど、「具体的に」記述する）、数値目標の達成状況の把握（削減目標は「予算」ベース、事後における達成状況の把握は「決算」ベースで行うこと）などが示されている。特に、「競争的研究資金により雇用される任期付職員」については、削減対象から除外する旨が示されている（ただし、削減対象の人件費の状況とは別に、当該任期付職員を含めた独立行政法人全体の人件費も併記する）。
「公的部門における総人件費改革の取組について」及び「公的部門における総人件費改革について（独立行政法人関係）」を踏まえ、各独立行政法人は中期計画に「人件費削減の方針」を記載し、以後、進捗状況及び達成度合いの事後評価を受けることとなった。なお、人件費削減の対象については、「公的部門における総人件費改革について（独立行政法人関係）」以降も、都度の政策要求に応じた見直しがなされていることから、総人件費改革の経過を確認する上では、これら数次の事務連絡等を総合的に把握する必要があると言える。
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