総務省行政管理局が運用するデータカタログサイト（ＤＡＴＡ．ＧＯ．ＪＰ）によれば、令和元年11月7日現在、独立行政法人が提供するデータベースサイトは15件を数え、５つの独立行政法人がこれを提供している。なお、これはデータカタログサイトに採録されたものに限ってであり、独立行政法人が臨時又は恒久的に公表しているデータベースはより多数に上ると考えられる。
（参考）
独立行政法人のデータベースサイト一覧（令和元年11月7日現在データカタログサイトで紹介されているもの）
データベースの名称／独立行政法人の名称
日本の観光統計データJapan Tourism Statistics ／独立行政法人国際観光振興機構
環境展望台（環境GIS）／国立研究開発法人国立環境研究所
地域防災Web／国立研究開発法人防災科学技術研究所
1964年新潟地震オープンデータ／国立研究開発法人防災科学技術研究所
水害地形分類図デジタルアーカイブ／国立研究開発法人防災科学技術研究所
特許情報プラットフォーム(J-PlatPat) ／独立行政法人工業所有権情報・研修館
NBDCヒトデータベース／国立研究開発法人科学技術振興機構
NBDC RDF Portal／国立研究開発法人科学技術振興機構
生命科学系データベースアーカイブ／国立研究開発法人科学技術振興機構
Integbioデータベースカタログ／国立研究開発法人科学技術振興機構
生命科学データベース横断検索／国立研究開発法人科学技術振興機構
バイオサイエンスデータベースセンター／国立研究開発法人科学技術振興機構
認定外国人案内所に関するデータ／独立行政法人国際観光振興機構
訪日外国人旅行者受入可能な医療機関のリストのデータ／独立行政法人国際観光振興機構
知財人材データベース／独立行政法人工業所有権情報・研修館
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