災害対策基本法においては、公共的機関及び公益的事業を営む法人のうち内閣総理大臣が指定するものを指定公共機関と位置付けることとされている。指定公共機関は災害予防・応急対策・復旧等において重要な役割を果たすとされており、独立行政法人についても指定の事例が見られている。
（参考）災害対策基本法第二条第五号の規定により内閣総理大臣が指定する指定公共機関の件（昭和37年総理府告示第26号）により指定公共機関とされている独立行政法人一覧（令和元年7月1日現在）
- 国立研究開発法人防災科学技術研究所
- 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構
- 国立研究開発法人日本原子力研究開発機構
- 独立行政法人国立病院機構
- 独立行政法人地域医療機能推進機構
- 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構
- 国立研究開発法人森林研究・整備機構
- 国立研究開発法人水産研究・教育機構
- 国立研究開発法人土木研究所
- 国立研究開発法人建築研究所
- 国立研究開発法人海上・港湾・航空技術研究所
- 独立行政法人水資源機構
- 独立行政法人都市再生機構
- 独立行政法人日本高速道路保有・債務返済機構
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