独立行政法人は独立行政法人通則法及び独立行政法人等登記令（昭和39年政令28号）に基づき、設立及び解散等の登記を行うこととされている。登記は個別法等で規定される「主たる事業所」の所在地にて行うこととされており、独立行政法人等登記令が規定する、登記事項は以下のとおり。
- 名称
- 事務所の所在場所
- 代表権を有する者の氏名、住所及び資格
- 資本金
- 代表権の範囲又は制限に関する定めがある場合はその定め
- 基金（ただし、独立行政法人北方領土問題対策協会に限る）
独立行政法人の登記情報は、少なくとも各独立行政法人が国からの受託契約の獲得にあたり競争参加資格を取得する際に、その存在等を証明するものとして利用されていると考えられる。このほか、独立行政法人の登記をめぐっては、民間企業等でも見られる「登記上の本社」の運用が、「独立行政法人駐留軍等労働者労務管理機構における不正常な状況」の遠因となり、参議院における警告決議に至った事例が見られている。ただし、この事例については個別法の規定と実質的本社所在地の整合が焦点となったものであり、例えば個別法との整合を確保した上で、経営効率その他の合理的な理由に基づき、民間企業並の「登記上の本社」や「本社機能の分散配置」の運用を採ることまでを妨げるものではないと考えられる。
なお、独立行政法人等登記令は昭和39年に成立した政令であり、一見、独立行政法人制度創設のはるか以前から存在していたかに見える。これは、旧特殊法人登記令の法令名称を、独立行政法人制度の創設に合わせて変更したためであり、時系列上の矛盾するものではない。
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