国の調達・契約に関する規定を設けた会計法（昭和22年法律第35号）及び予算決算及び会計令（昭和22年勅令165号）は、主として国（各省各庁）内部の会計制度を定めたものであり、一部を除いて独立行政法人には適用されない。このため、「独立行政法人における随意契約の適正化について（依頼）」（平成18年3月29日総務省行政管理局長事務連絡）では、独立行政法人の業務方法書及び会計規程等において、各々の調達・契約に関する規定を明確にする考えが示されている。 なお、WTO政府調達協定や日本政府の自主的措置が適用される、独立行政法人の一部の調達・契約については、会計法令に準拠して国と同質的に行うことが求められている。また、特定国立研究開発法人を除く独立行政法人については、少額随意契約の基準額について、国と同等とすることとされている。
なお、主務大臣により措置される独立行政法人の予算要求などについては、国の内部の手続きの延長にあると言えることから、「会計法令から独立している」とは言い切れない。
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